كان ياسر عرفات طالبا في السنة الأولى في كلية الهندسة عندما استشهد عبد القادر الحسيني يوم 7 نيسان /أبريل 1948 في معركة جبل القسطل بالقدس .
وبعد ذلك بيومين في التاسع من نفس الشهر ارتكبت المنظمتان اليهوديتان المتطرفتان"الأرغون "و"شتيرن" مجزرة دير ياسين حيث قتل الإرهابيون نحو 360 شخصا من أهل القرية وكان معظم الضحايا من الأطفال والنساء وكبار السن.
تأثرعرفات بشدة بتطورات الأحداث في فلسطين فأحرق مع صديقه حامد أبو ستة كتبهما أثناء اجتماع في بيت للإخوان المسلمين في القاهرة،وقررياسرأن يتوجه إلى فلسطين لحمل السلاح دفاعا عن أرضه وشعبه.
بعد أيام وصل ياسر وحامد إلى غزة برفقة ضابط من"الإخوان" ،قاتل ياسر مع قوات الإخوان المسلمين التي كانت قدمت من مصر وحاصرت "كيبوتس"كفار داروم بجنوب فلسطين .ثم انضم إلى "جيش الجهاد المقدس " وعين ضابط استخبارات فيه .
بعد هزيمة الجيوش العربية في 1948 عاد ياسر إلى القاهرة وقد تبدلت أحواله كليا :شهد النكبة تحل بشعبه، لامس محنة اللاجئين ، وعاش هزيمة الجيوش العربية غير المنضبطة وسيئة التسليح والتنظيم ،فخرج بنتيجة تقول "لا يمكن للفلسطينيين إلا الاعتماد على قواهم" .
وفي العام 1949 عاد ياسر عرفات إلى كلية الهندسة ، ومنذ ذلك الوقت أخذت النشاطات السياسية جل وقته إضافة إلى دراسته الجامعية وعمله كمدرس رياضيات في مدرسة ليلية لتحمل نفقات دراسته المساعدة في نفقات الأسرة التي تراجع وضعها المادي، خاصة بعد أن قررت السلطات المصرية إبعاد الأب عبد الرؤوف في 1949 إلى غزة بحجة انه فلسطيني غيرحائزعلى إقامة دائمة في مصر.
أسس ياسرعرفات مع عدد من الطلاب الفلسطينيين رابطة أسموها "رابطة الطلاب الفلسطينيين" في العام 1950وانتخب ياسر عرفات رئيسا لها في العام 1951وتعرف إلى القائدين الثوريين المصريين كمال الدين حسين وخالد محيي الدين في مؤتمر طلابي كبير عقد في جامعة الملك فؤاد في أيار /مايو 1951"، وهما من الضباط الاحرار الذين قادهم جمال عبد الناصر في ثورة 23تموز/يوليو 1952".وفي المؤتمر القى ياسر عرفات كلمة باسم فلسطين بعد أن أقنع منظمي المؤتمر بإدراج كلمة فلسطين ضمن جدول أعمال المؤتمر، وفيها قال"أيها الزملاء، لا وقت للكلام ولندع الرصاص يتكلم".
وشارك عرفات في دورة تدريب عسكري نظمتها الجامعة لمدة ثلاثة أشهر ثم في دورة صيفية أخرى لمدة شهرين ، وحصل على شهادة ضابط احتياط ، وعين ضابطا مسؤولا عن الإعلام والتدريب لطلاب الهندسة الراغبين والمؤهلين للمشاركة في الأعمال الفدائية والمقاومة العسكرية ضد البريطانيين في منطقة قناة السويس .
فازياسرعرفات في انتخابات رابطة طلاب جامعة القاهرة في العام 1952 واصبح رئيسا للرابطة، وبقي محتفظا بالمنصب حتى نهاية دراسته في العام 1955.
ومنذ العام 1951 أصبح ياسر عرفات معروفا على مستوى الحركة الطلابية العالمية، وشارك في مؤتمرات طلابية في عدة دول، مثل بلغاريا ،الاتحاد السوفيتي ،تشيكوسلوفاكيا ،بولندا وألمانيا الشرقية ، وأنشا خلالها شبكة واسعة من العلاقات والصداقات والتحالفات ، وكانت قضيته الأساسية شرح أوضاع شعبه ونضاله الشجاع أمام الرأي العام العربي والعالمي ،والمطالبة بحقوقه السياسية والإنسانية العادلة. بعد ثورة 23تموز/ يوليو 1952 سعى رئيس رابطة طلاب جامعة القاهرة "ياسر عرفات" إلى لقاء الرئيس الجنرال محمد نجيب ،وسلمه "عهد وفاء من الطلاب الفلسطينيين"مكتوبا بدمهم وفيه الكلمات"لا تنس فلسطين".ونشرت الصحف المصرية في اليوم التالي صورة نجيب يستقبل عرفات ، وكانت تلك أول صورة لياسرعرفات في سلسلة طويلة لاحقة تنشر له مع سياسيين وعظماء.
وفي حزيران/ يونيو 1953 توفي عبد الرؤوف عرفات،والدياسر،في منزل إبنته يسرى في خان يونس إثر نزيف في المخ. وأخفت أخته خديجة نبأ الوفاة عن ياسرلأنها لم ترغب في التشويش عليه عشية تقديمه لامتحان مهم في الهندسة ،كان موعده في اليوم التالي لتسلمها برقية من شقيقتها يسرى تعلمها فيها بخبروفاة والدهم .
وفي هذه المرحلة الجامعية تعرف ياسر إلى عدد ممن أصبحوا رفاق دربه في قيادة الثورة الفلسطينية ومنهم صلاح خلف "أبوإياد"في القاهرة وخليل الوزير "أبو جهاد" في غزة في العام 1954 . كان أبو جهاد تلقى تدريبا عسكريا لدى الإخوان المسلمين، وأسس نواة للفدائيين في قطاع غزة..وكان الفدائيون الذين ينظمهم أبو جهاد ينتمون بشكل اساسي إلى شرائح الطلاب واللاجئين يزرعون الألغام والمتفجرات على طريق دوريات الجيش الإسرائيلي.
اعتقلت السلطات المصرية ياسر عرفات بعد محاولة اغتيال جمال عبد الناصر على يد جماعة الإخوان المسلمين في تشرين الاول/اكتوبر 1954 لانه كان ناشطا طلابيا ويعتبر من المتعاطفين مع الإخوان مع انه لم ينضم اليهم البتة.ومكث عرفات شهرا في السجن .
تخرج ياسر من الجامعة في العام 1955 ، وعقب تخرجه أسس رابطة الخريجين الفلسطينيين. ووسع علاقاته مع الاتحادات الطلابية والمنظمات السياسية على امتداد العالم ،وواصل التردد على الضفة الغربية وغزة والاردن .
وفي عامي 1956-1957، عمل ياسر عرفات مهندسا في الشركة المصرية للإسمنت في المحلة الكبرى، وهي منطقة صناعية ضخمة تقع في دلتا النيل.
التحق عرفات بالجيش المصري فور اندلاع حرب السويس في 28 تشرين الأول /اكتوبر 1956 "العدوان الثلاثي" كضابط احتياط في وحدة الهندسة المتمركزة في منطقة بور سعيد،واستخدم ياسركل معلوماته ومخزونه من التدريبات التي تلقاها قبل عام في معسكر للجيش المصري.
